Récapitulatif

SERVICES

La plateforme iCONICS donne accès à des solutions logicielles et à une expertise méthodologique pour une variété de processus de gestion et d'analyse de données biomédicales.

GESTION DE DONNÉES

Nous offrons un support pour la gestion des données des données biomédicales. Cela comprend la définition et la mise en œuvre de bonnes pratiques dans les processus de curation, de normalisation, d'annotation et de structuration des données spécifiques au domaine. L'objectif est d'atteindre des normes de qualité élevées en matière de cohérence, de fiabilité, de valeur et d'interopérabilité des données.

À cette fin, nous mettons en œuvre une communauté dédiée et des solutions ouvertes pour capturer des données au format numérique, telles que:

  • REDCap pour l'eCRF clinique (avec la définition d'un dictionnaire unifié de variables pour les études cliniques);
  • XNAT pour les données de neuroimagerie;
  • OMERO pour les données d'imagerie cellulaire;
  • Tumorotek pour les collections de ressources biologiques.

Des formations et un support sont organisés pour accompagner l'utilisation de ces solutions logicielles.

Nous proposons également une assistance pour définir Plans de gestion des données (basé sur les principes de données FAIR de l'Union européenne: trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables, en savoir plus ici), qui sont désormais obligatoires pour la plupart des agences de financement de la recherche.

ANALYSE DES DONNÉES GÉNOMIQUES

Nous développons et fournissons des pipelines et des interfaces bioinformatiques afin de traiter et de visualiser une gamme de données génétiques, génomiques et épigénomiques; ces outils sont exploités par des collaborateurs ou par des utilisateurs finaux, qui bénéficient également de l'assistance d'experts de la plateforme pour analyser et interpréter leurs données.

Le panel d'applications biologiques prises en charge, principalement dérivées de l'acquisition de séquençage à haut débit (NGS), comprend:

  • Panel de gènes, séquençage de l'exome entier et séquençage du génome entier (SNP, CNV, variantes rares);
  • ARN-seq (expression génique différentielle, variantes d'épissage, ARN long non codant, microARN, unicellulaire);
  • Bisulfite-seq (profil de méthylation);
  • ATAC-seq (accessibilité de la chromatine);
  • ChIP-seq (liaison aux protéines).

Quelques analyses de tableaux sont également proposées (GWAS, transcriptomique, méthylation).

Les pipelines sont construits à l'aide d'une variété d'outils choisis pour assurer l'évolutivité, la reproductibilité et la portabilité (gestionnaire de flux de travail snakemake, gestionnaire de packages Conda, gestionnaire de conteneurs Docker). Les applications graphiques Shiny / R offrent aux utilisateurs des moyens efficaces d'explorer leurs résultats.

Cette activité est étroitement liée à la production de données de séquençage opérée par le Installation principale d'iGenSeq.

BIOSTATISTIQUE ET INTÉGRATION DES DONNÉES

Un soutien de base dans l'analyse des données statistiques est fourni. Nous accueillons toute demande concernant la mise en œuvre de méthodes statistiques standard (par exemple, test d'hypothèse, ANOVA, modèles mixtes, clustering) ou avancées (par exemple, régression et classification non linéaires, apprentissage des caractéristiques et des représentations), pour évaluer, valider, corréler ou explorer les données biomédicales (généralement, les examens cliniques, l'imagerie cellulaire, l'électrophysiologie, la génomique ou l'acquisition de données métabolomiques).

De plus, nous concevons et appliquons des méthodes spécifiques pour l'analyse intégrative de données multimodales et de haute dimension (p. Ex., Données de génétique / multiomique, données de neuroimagerie, observations cliniques). En particulier, un cadre polyvalent appelé Analyse de corrélation canonique généralisée régularisée (RGCCA), et son homologue épars SGCCA, sont dédiés à l'analyse d'ensembles de données structurés en blocs de variables. En partenariat avec CentraleSupelec, nous développons de nouveaux composants pour ce package (par exemple, pour mieux gérer les valeurs manquantes) et implémentons des interfaces graphiques pour faire fonctionner les méthodes et visualiser les résultats.

FORMATION

Nous proposons des formations dans différents domaines liés à nos domaines d'expertise, tels que:

  • Préparez votre plan de gestion des données
  • Collecte et gestion des données de recherche clinique avec REDCap
  • OMERO pour la gestion des données microscopiques
  • Statistiques pour l'analyse d'images de cellules
  • Introduction à R pour la génomique
  • Statistiques et R (différentes saveurs)

Une formation individuelle peut également être dispensée «à la demande».